马克思主义理论为南京中医药大学校级重点学科。本学科聚焦马克思主义基本原理与中华优秀传统文化相结合，围绕此设立既有马克思主义理论底色又有中医药院校特色的马克思主义基本原理、马克思主义中国化研究、思想政治教育、中国近现代史基本问题四个研究方向，学科方向带头人：肖安宝教授。