南京中医药大学思想政治教育学科是在大学生思想政治理论教学研究基础上发展起来。2007年入选学校“十一五”重点建设学科，2013年入选学校“十二五”重点建设学科。经过多年的建设与发展，形成了四个相对独立的学科方向：思想政治理论教学研究、人文素质教育研究、大学生职业道德教育研究、大学生思想政治教育管理研究。

在思想政治理论教学研究中，以提高教学针对性与实效性为目标，结合学校学科特色与大学生专业实际，开展教学改革研究与实践，获得多项省级、国家级教学成果奖励。入选江苏省首批思想政治理论课教学示范点，在省教育厅组织的思想政治理论课考核中获得“优秀”等级，多位教师获得长三角思政教学竞赛二等奖、江苏省思政教学竞赛二等奖。在人文素质教育方面，构建了具有中国传统文化特色与中医文化特点的人文素质课程模块，并进入了医学生人才培养计划。获得了3项国家社科项目，通过了省教育厅组织的艺术课程考核并获得优秀等级，教学改革成果获得校教育研究优秀成果一等奖。大学生职业道德教育，紧扣中医大学生的医德教育主线，突出素质拓展，完成了省教育科学规划重点项目，获得了校教学成果二等奖。大学生思想政治教育管理突出以人为本理念，根据中医药大学生的思想特点与专业特色，探讨中医院校思想政治教育管理的创新模式。