学院党总支组织机构健全，运行规范，学院党总支现共有党员74人，其中教师党员58人，占学院一线教师的87.6%。学院按照“将党支部建在课程群上，将党小组设在教研室上”原则，设置三个教工党支部和一个研究生党支部，根据各自职能和特色命名为思想支部（道德与法律教研室、中国近现代史纲要教研室）、理论支部（马克思主义中国化教研室、马克思主义原理教研室）、文化支部（医学人文教研室、文化艺术教研室、研究生思政课教研室、科学技术史教研室），支部书记均由教研室主任担任。

学院党总支以习近平新时代中国特色社会主义思想为指导，坚持“马院姓马、在马言马”的办学原则，秉承“明理传道，崇德尚文”的院训，坚持把马克思主义基本原理同中华优秀传统文化相结合，把立德树人同以文化人相结合，坚持课程思政与思政课程协同育人，以高质量党建促进学院事业高质量发展，实现党建与业务深度融合，学院入选江苏省高校首批思想政治理论课教学示范点，获“江苏省教育工作先进集体”、连续3次入选江苏省高校重点马克思主义学院。学院党总支先后获得江苏省高校先进基层党组织、江苏省高校最佳党日活动优胜奖、江苏省高校党建工作创新奖二等奖。