南京中医药大学中医文化研究始于上世纪八十年代，1994年率先成立了全国首家中医文化研究中心，2012年中医文化学入选国家中医药管理局“十二五”重点建设学科。本学科汇集了学校哲学、中医学、教育学、管理学专家40余人，逐步形成一支年富力强的中医文化学科团队，该团队先后入选学校及江苏省高校哲学社会科学优秀创新团队。

经过多年的建设，本学科形成了“中医学文化基础与方法论研究”、“中医文化教育与传承研究”、“中医文化传播研究”、“中医院文化建设与实践研究”四个特色鲜明又相对稳定的学术方向，开展中医文化研究与传播。先后获得了包括国家社科基金重大项目“中医文化核心价值体系及其现代转型研究”、国家社科基金重大项目“中医药文化国际传播认同体系研究”、国家社科基金重点项目“中医药学中的儒道佛思想研究”在内的7项国家社科基金项目，出版了《中医文化研究》（三卷本）等著作十多部。先后开设了6门中医文化课程，开展中医文化系列讲座与系列论坛，指导大学生的3篇论文先后荣获全国大学生挑战杯优秀作品一、二、三等奖，2项中医文化教学成果先后获得国家教学成果二等奖。与澳大利亚墨尔本理工大学联合开办的中医孔子学院为西方人打开了解中国文化一扇窗口，成为中医文化国际传播的重要平台。《南京中医药大学学报》（社会科学版）是全国中医院校学报唯一的社会科学版，其“中医文化”栏目被评为全国文科学报特色专栏。

经过近二十年的学术积累，本学科逐步形成了“以中医学文化基础研究为重点，以文化育人为核心、以传承传播为主线”的鲜明学科特色。2012年学校以中医文化学科为基础，组建了“中医文化研究与传播中心”，成为学校四个“2011协同创新中心”之一。2013年，在中医学一级学科下自主设置中医文化学二级学科博士学位点，独立培养中医药文化高层次专门人才。2015年，“中医文化研究中心”入选江苏省高校哲学社会科学重点研究基地。2017年，“中医文化传承与传播研究”团队荣获江苏省高校哲学社会科学优秀创新团队。